Môn Khoa học tự nhiên ở cấp THCS là cầu nối giữa các môn Tự nhiên và Xã hội, Khoa học của cấp Tiểu học với các môn Địa lí, Hóa học và Sinh học của cấp Trung học phổ thông. Đây là môn học tích hợp các kiến thức Vật lí, Hóa học, Sinh học, thông qua bốn chủ đề: Chất và sự biến đổi của chất, Vật sống, Năng lượng và sự biến đổi, Trái đất và bầu trời.
Khoa học tự nhiên còn là môn học đặc thù, có sự kết hợp chặt chẽ giữa lí thuyết với thực hành nên các bài học là một chuỗi các hoạt động học tập đa dạng, từ quan sát, tìm tòi, khám phá, đưa ra dự đoán khoa học, thực hiện phương án thí nghiệm kiểm tra dự đoán đến vận dụng kiến thức, kĩ năng vào việc giải quyết các câu hỏi, bài tập của môn học, cũng như các tình huống thực tế của cuộc sống.
